Являюсь конкурсным управляющим. Предстоит
продажа имущества. Меня очень беспокоит вопрос, как
платить НДС с реализованного имущества в процедуре
конкурсного производства?

Да. Вопрос злободневный. И теперь по нему есть ясный ответ. В соответствии с ФЗ №245-ФЗ от 19.07.2011г. внесены изменения в НК РФ, а именно ст.161 НК дополнена п.4.1. Привожу дословно новый пункт: "4.1. При реализации на территории Российской Федерации имущества и (или) имущественных прав должников, признанных в соответствии с законодательством Российской Федерации банкротами, налоговая база определяется как сумма дохода от реализации этого имущества с учетом налога. При этом налоговая база определяется налоговым агентом отдельно по каждой операции по реализации указанного имущества. В этом случае налоговыми агентами признаются покупатели указанного имущества и (или) имущественных прав, за исключением физических лиц, не являющихся индивидуальными предпринимателями. Указанные лица обязаны исчислить расчетным методом, удержать из выплачиваемых доходов и уплатить в бюджет соответствующую сумму налога."
Поэтому сейчас необходимо заранее предупреждать покупателя имущество о том, что он платит НДС. Цена сделки отражается с НДС, но сумма покупателем в пользу продавца перечисляется меньше на сумму НДС, подлежащего уплате. Покупатель теперь налоговый агент. На мой взгляд, все эти моменты необходимо отражать в договоре купли-продажи.

Должен внести коррективы в отношении уплаты НДС при банкротстве с учётом выхода в свет Постановления Пленума ВАС РФ от 25.01.2013г. №11. Указанное Постановление идёт вразрез с выше приведенными положениями НК, но это судебная практика, обязательная к исполнению. Прилагаю текст Пленума.